mettez votre bécane au service de la recherche scientifique de facon concrète !

je crée ce post dans l'intention d'informer ceux qui ne connaissent pas encore le calcul distribué, j'imagine qu'une bonne partie sait de quoi il s'agit ;)

Slt les gens,

souvenez vous de Louis Pasteur, qui découvrit un remède contre la rage en 188x, de ce temps là, seuls les gens ayant fait les études nécessaires pouvaient aider la communauté scientifique à avancer dans la recherche

Cette idée est malheureusement restée encrée au fil des générations, même s'il est vrais qu'aujourd'hui les virus ont bien évolué, et que les études nécessaires sont de plus en plus poussées, longues et complexes, il existe un moyen pour n'importe qui possédant un ordinateur et une connexion internet, d'aider de façon concrète la recherche..

Heureusement nous sommes en 2009, et l'informatique devient de plus en plus aboutie, si bien qu'elle nous aide depuis des années à mieux comprendre les mécanisme de certains virus et autres molécules (notamment le HIV). malheureusement, cela représente plusieurs milliards de calculs tellement complexes que même un des plus puissants des SuperCalculateurs mettrait des centaines d'années de calculs intensif pour donner des résultats concluants.

Pourtant des petits génies de l'informatique n'ont pas voulu baisser les bras, n'aimant pas cette idée, ils ont conçu un nouveau système il y a quelques années, appelé "Le calcul distribué".

A l'heure actuelle, les processeurs grand public fournissent 2 à 20 GigaFlops, (Pour rappel le Flops est l'unité de puissance d'un processeur et 20 Gigaflops valent 20 millions de Flops) et si l'ont sait que les 3 plus puissants ordinateurs du monde ont une puissance de 280, 480 et 1025 Téraflops (1 Tera = 1000 Giga), y a pas photos, on est loin de rivaliser...

Pour mieux imager la complexité des calculs, il faut savoir qu'une molécule rempli telle ou telle fonction d'après sa forme tri-dimensionnelle, imaginez donc que vous deviez plier de toutes les façons possibles une feuille de papier, et ce pour chaque milliardième de seconde, durant 3 jours.. hé bien c'est la même chose pour l'ordinateur, sauf qu'il s'agit cette fois de protéines avec bien plus de possibilités comme celle-ci:














(tous les projets ne travaillent pas ainsi mais l'impression de complexité est semblable pour tous)

il s'agit là de plusieurs centaines de milliards de possibilités par seconde à simuler, et comme ceci représenterait des dizaines voir des centaines d'années de travail même pour un super-ordinateur, le calcul distribué intervient.

Les scientifiques n'avaient pas vraiment le choix, simuler une protéine sur plusieurs heures, voir jours, devenait un défis bien trop important même pour nos machines les plus puissantes, ils ont donc décidé de découper la simulation en fragments de quelques nano-secondes (nano = milliardième) pour effectuer des calculs moins longs et pouvoir recevoir des résultats plus faibles certes, mais dans de meilleurs délais.

Grâce à un système ingénieux fonctionnant via un logiciel simplifié connecté à internet, nous pouvons aujourd'hui aider la science en laissant nos pc domestiques calculer certains de ces fragments.

(Pour ceux qui se disent déjà que ca fera ramer leur pc, tout est configurable, pour que vous ne calculiez que quand vous le désirez, après x minutes d'inactivité, ou alors bloquer l'utilisation du processeur à un certain pourcentage en priorité basse, afin de ne ressentir aucune gène, en écran de veille (plutôt joli), etc.. Un Pentium 2 est donc autant le bienvenue qu'un Core i7)

Faites le calcul, 100 millions de pc proposant leur CPU de +- 5 Gigaflops, cela donne 500 000 Teraflops, ou 500 Petaflops, de quoi aligner 500 fois le plus puissant ordinateur du monde.. mais ce chiffre ne risque pas d'être atteint avant longtemps si les gens continue d'ignorer l'existence de cette solution.. (certains autres projets utilisant CUDA on déjà atteint la barre des 5 Petaflops avec 2 millions de membres)

La technique a fonctionné et rapidement les Flops se sont affichés, depuis il existe une multitude de recherches utilisant le calcul distribué, pour les math, la physique, le climat, l'énergie alternative, etc mais la recherche en bio-médecine est celle qui obtient les meilleurs résultats.

Si je vous écris tout ca, c'est pour vous inviter à rejoindre ce système. World Community Grid, Il s'agit là d'un site proposant de s'inscrire à plusieurs projets de recherche scientifique et de les aider avec vos pc via un seul logiciel qui les gérera tous: BOINC.

Il a fait ses preuves et a déjà apporter une grande contribution à l'avancée de la médecine, vous aurez donc le choix entre une dizaine de projets comme la lutte contre le sida, le cancer, la dystrophie musculaire ou encore la recherche pour une énergie alternative. Vous pourrez vous concentrer sur le sujet qui vous touche le plus, ou mieux encore, pour les possesseurs de multicore, vous pourrez assigner un projet diffèrent à chaque cœur <italique>(et encore mieux, pour les possesseurs de carte graphique Nvidia d'au moins la série 8xxx, l'alliance CPU(s) + GPU arrive)</italique>

il existe aujourd'hui 460 000 membres (seulement.. D'après Gartner il y aurait plus d'un milliards d'ordinateurs sur terre) pour environ 3 pc par membre, ceci représente une moyenne de 400 000 résultats par jour dont 65 000 pour le sida, je me disais que ce chiffre pourrait et devrait décupler qu'en dites vous? (WCG est aux alentours des 1000 Teraflops de puissance restituée, l'équivalent du plus puissant super-ordinateur du monde, mais l'on pourrait vraiment faire beaucoup mieux)

Si tout mon blabla vous a un tantinet chatouillé, je vous invite à visiter mes liens en bas de page et/ou de vous inscrire sur WCG Ici vous pourrez y télécharger Boinc Manager après l'inscription.

et bonne nouvelle avec ca, la version CUDA (CUDA = qui utilise la carte graphique comme processeur, et sachant qu'une carte dernière génération propose 1000 gigaflops contre 20 pour les CPU, faites le calcul...) de Boinc Manager arrive à grands pas, la version beta 6.7.5 propose déjà un projet pour l'Alzheimer sur Cuda mais n'est pas encore très au point, en attendant elle arrive, et bientôt tous les projets tourneront dessus

en espérant avoir mis au courant ceux qui ne l'étaient pas, je vous dis merci pour la lecture, et j'espère à bientôt sur WCG

ps: seulement 0.1% des pc dans le monde sont impliqués dans ces projets..

Quelques liens utiles

Le site de World Community Grid
Le site de BOINC Manager
Le portail francophone de BOINC Manager
Le site de FightAIDS@home
Le portail francophone de FightAIDS@home
Lien Clubic pour FightAIDS@home
Dossier Clubic sur le calcul distribué et Quid de la sécurité
Lien pour BOINC & CUDA

Deja installé Folding@home depuis plus de deux ans
( la PS3 participe aussi au projet )

tit up

La question est : a qui profitera ces recherches et les resultats. Domaine libre ou brevet?

Citation :


question intéressante même si par principe (que ca avance merde!) ça fait un bail que je participe au truc.


D'après le peu que je sais, le domaine libre se fait très très rare. Surtout en sciences.
Le tout est de savoir à quelle organisation privée cela va financièrement bénéficier. Monsanto? Dick Cheney? et d'autres sympathique gaillards du genre?


Ce genre de projets sont si rares et pointus que j'ai la faiblesse de croire à des intérêts supra-nationaux..allez, j'ose, intérêt collectif.


Oui je sais, bizounours n'existe pas.

pour ma part je tourne pour fightaids@home (le hiv) et je sais que les résultats vont directement à l'institut pasteur, qui est le centre de recherche sur le hiv, les résultats se voient ici :

http://fightaidsathome.scripps.edu/status

et je pense pas que vous soyez les seuls a avoir des doutes sur le sujet, qui je pense doit etre expliqué sur les liens de mon fin de post, ou quelque part sur les sites et forums, un peu de recherche arrêtez la parano:p

et pour info, oui ca avance on peut retrouver tous les projets en cours et ceux terminés avec explication des résultats ici

http://www.worldcommunitygrid.org/stat/viewProjects.do

ps: un ami informé ma dis que SI un vaccin venait a naitre, un brevet serait dessus, mais qu'en attendant, les résultats sont mis a disposition de tous les chercheurs sur terre (même a nous si on veut mais faut comprendre leur "langue" de biologiste

tit up

Tiens une question.

Il manque actuellement 2 pattes a mon PC:

une des deux CG, donc je tourne sur une 8800GTX (prêté en dépannage), et une de mes deux barrettes de RAM qui faisait planter le PC, donc je tourne sous 2Go de DDR3.


Ze question is, dans ce cas de figure j'ai des ralentissements sur certains logiciels comme 3D studio max.

Si j'installe ça, est ce que ça va bouffer ma RAM encore plus ?

sachant aussi que j'ai un quad, comme proco.

pour ce qui est de la quantité de ram nécessaire, on parle de +- 100mo par cœur

mais l'intérêt du logiciel c'est que même lorsqu'il tourne à 100% des capacités du pc, on ne ressent aucun ralentissement car il reste en priorité très basse.

le seul problème actuel réside dans Cuda, des bugs sont encore présents, mais apparemment la version 6.4 beta corrige cela

pour 3D studio max (s'il utilise cuda seulement! je sais pas..), et autres logiciels gourmand niveau cpu+gpu, utiliser en parallèle cuda sur boinc , pour l'instant vu la stabilité, n'est pas conseillé, mais si l'on n'utilise que son cpu comme moi (quad aussi) on peut jouer à son jeux préféré sans soucis (note, j'ai quand même parfois des ralentissement sur titan quest, mais rares et courts) donc au pire, en 2 click tu sais le mettre en veille

pour ma part lorsque je joue, je ne laisse que 75% de mon cpu disponible à BOINC, (tjr en priorité très basse), de cette façon je n'ai jamais de ralentissement si le jeux à besoin de 64% du cpu, il aura ses 64%, et boinc peut continuer d'avancer de son coté

test et fais toi ton opinion


ps: un projet très récent commence à se faire de + en + connaitre car très prometteur, il s'agit de roseta@home

http://boinc.bakerlab.org/rosetta/

si j'ai bien compris, chaque protéine à des poils glucidique qui l'entoure, et la distance qui les espace est différente pour chaque protéine, ils cherchent donc à calculer ces espaces, et à créer des anticorps capable de repérer la cible par rapport a ses poils ^^

valable donc pour le sida, malaria, sras, et toutes les pathologies graves:p (WCG travail aussi sur ces maladies, mais d'une autre façon)

up